La vita di Giovanni Pepe copre un arco di tempo di 75 anni dal 1880 al 1955, anni ricchi di avvenimenti dolorosi e non, anni di conquiste e anche di grandi conflitti. Il suo periodo seminariale, dalla promozione alla tonsura e ai primi due ordini (ostiariato e lettorato), sino al presbiterato, è uno dei più agitati della storia della Chiesa nel quadro dello Stato nazionale. Infatti, con l’occupazione dello Stato pontificio si arriva al conflitto tra papato e regno d’Italia. Lo Stato italiano tentò di regolare per conto proprio i rapporti con la Santa Sede, con la Legge delle Guarentigie, ma Pio IX insieme con il mondo cattolico rifiutò e a più riprese (1871, 1874, 1886) rispose con un non expedit. Anche con l’avvento del successivo papa, Leone XIII, si tentò una riconciliazione tra Stato e Chiesa, ma l’esito non fu felice.
Il pontificato leonino segnò anche un forte impegno in campo sociale da parte della Chiesa e dei cattolici, soprattutto fra le masse operaie e contadine minacciate dal pericolo socialista. Proprio per una risoluzione dei problemi sociali in senso cristiano, Leone XIII pubblicò l’enciclica Rerum Novarum (1891), in cui si opponeva al capitalismo e ai miti della competizione e del conflitto l’esigenza della solidarietà e della giustizia sociale, alla lotta di classe l’interclassismo (la cooperazione e l’armonia), al liberalismo la democrazia cristianamente intesa. Inoltre, poiché questo papa era pienamente consapevole dell’importante ruolo della cultura per il rinnovamento cristiano della società si adoperò in tal senso riprendendo anche il dialogo, cessato ormai da diversi anni, con il mondo scientifico. Per questa sua convinzione, oltre alle preoccupazioni di politica ecclesiastica (Questione romana, Kulturkampf, ecc.) fin dall’inizio della sua elezione, si dedicò alla ripresa del tomismo, che culminò nella pubblicazione dell’enciclica Aeterni Patris (1879). Infatti egli “vedeva nella ripresa del tomismo un aspetto di ‘difesa sociale’, un antidoto alle dottrine che sovvertivano i valori tradizionali della famiglia, della società e della politica”. In seguito alla pubblicazione di questa enciclica viene rivolto l’invito ai vescovi a riprendere nei seminari l’insegnamento della filosofia tomista visto come un modo per reagire all’anarchia intellettuale di quel tempo e ai gravi danni prodotti dall’ individualismo dell’animo umano lasciato a se stesso.